اکوسیستم ها ی طبیعی و تالاب هایی که به صورت آبی و جنگلی هستند اغلب در استان های شمالی و غربی و جنوبی قرار دارد لذا به جهت موقعیت خوبی که دارند در معرض دید و بازدید افراد بسیاری قرار می گیرد. این تالاب ها به دلیل داشتن ظرفیت محدود بسیار سریع تر مورد آلودگی قرار می گیرد. طی چند دهه اخیر تالاب های آبی و جنگلی بیشتر آلوده شده اند و از عوامل آلوده کننده آن می توان به ایجاد آلودگی توسط گردشگران، ریختن آلاینده ها توسط کارخانه ها می توان اشاره کرد.
کارشناس رسمی دادگستری محیط زیست طبیعی در خصوص آلودگی تالاب های آبی و جنگلی گزارشاتی تهیه می نماید و نحوه دفع آلودگی از آنها را بیان می دارد.از دیگر عوامل تولید کننده آلودگی در تالاب ها عوامل طبیعی نظیر باد و طوفان، باران های اسیدی و سیل اشاره کرد. آلوده شدن تالاب ها باعث آسیب رساندن به محیط زندگی پرندگان و حیوانات تالاب می شود و ممکن است از طریق راه های غیر مستقیم به انسان نفوذ نماید.
آلودگی تالاب ها مربوط به چند دهه اخیر است که افراد بدون در نظر گرفتن محیط زیست اقدام به ریختن زباله در تالاب ها می کنند. برخی از کارخانه جهت دفع زباله خود آنها را داخل تالاب می ریزند. تخریب و آلوده ساختن تالاب ها ممنوع و جرم است. کارشناس رسمی محیط زیست طبیعی معیارهای آلوده سازی تالاب را بیان کرده و با توجه به آن میزان آلوده شدن محیط تالاب آبی و جنگلی را بیان می کند. محیط تالاب ها که به واسطه آلاینده ها مورد آلودگی واقع می شوند نباید از حد مجاز بیشتر باشد در این صورت با توجه یه نظر کارشناس بباید خسارت بپردازند.
یکی از کارهایی که کارشناس دادگستری محیط زیست طبیعی نسبت به آلودگی تالاب ها انجام می دهد مشاهدات میدانی و تهیه گزارش است. این مشاهدات میدانی در بازه های زمانی منظم انجام می شود تا تغییرات در محیط تالاب به طور کامل مشاهده شود. همچنین در خصوص اندازه گیری میران آلودگی تالاب ها می توان از روش آزمایش خاک و آب و گیاه تالاب استفاده کرد. پس از اینکه علت و میزان آلودگی تالاب مشخص شد اقدام به احیا و بازسازی و دفع زباله از آن صورت می گیرد.
چنانچه نظر کارشناس مبنی بر پاکسازی تالاب باشد دولت با استفاده از فناوری های نوین نظیر نانو تکنولوژی به صورت پایلوت استفاده می شود. به طور مثال می توان به تالاب انزلی اشاره کرد. تالاب انزلی از جمله تالاب های آبی است که در شمال کشور واقع شده است و دچار آلودگی های انسانی قرار شده است. مواد آلی در آن رسوب کرده است و فاضلاب ها در آن ریخته می شود و تبدیل به لجن شده است. دولت برای پاکسازی آن از روش نانو تکنولوژی استفاده می شود که طی آن رسوبات از عمق تالاب به سطح خارج می شود. در کل روش های پاک سازی تالاب ها مختص به نوع آلودگی تالاب است.
کارشناس محیط زیست طبیعی در خصوص آلودگی تالاب های آبی و جنگلی با استفاده از روش مشاهدات میدانی و آزمایشات مختلف می تواند اظهار نظر کرده و روش های پاکسازی تالاب را بیان نماید. کارشناس می تواند راهکارهایی در خصوص جلوگیری و بازسازی تالاب آبی و جنگلی ارائه بدهد.